La Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH) emitió la Recomendación 134/2022 a los titulares de las Secretarías del Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT), María Luisa Albores González, y de Salud, Jorge Alcocer Varela; así como al gobernador del estado de Jalisco, Enrique Alfaro Ramírez y a otros funcionarios por violaciones a los derechos a un medio ambiente sano, al agua y saneamiento, a la salud y al principio del interés superior de la niñez, derivados de la contaminación del Río Santiago.
El 21 de noviembre de 2019, la CNDH recibió una queja por posibles violaciones a los derechos humanos a la salud, así como al acceso, disposición y saneamiento del agua para consumo personal y doméstico, señalando la falta de acciones de prevención y atención de enfermedades renales asociadas a los altos niveles de contaminación en el Río Santiago. Un año después se solicitó su intervención para que se investigue el daño ambiental del mismo río, así como las afectaciones a la salud de los pobladores de los municipios de Poncitlán, Juanacatlán y El Salto, como consecuencia de la presencia de contaminantes.
Durante la integración del expediente se documentó que la PROFEPA, diagnosticó en 2017 al Río Santiago como una de las regiones más contaminadas de México, con altas cantidades de metales pesados provenientes de los corredores industriales a orillas de este, y que la presencia de contaminantes en la cuenca, constituyen un problema grave que pone en riesgo el equilibrio ecológico.
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La CNDH acreditó violaciones a los derechos humanos a un medio ambiente sano, al agua y saneamiento, a la salud y al interés superior de la niñez, por la falta o insuficiente implementación de medidas de prevención, mitigación y restauración de la calidad del agua en el Río Santiago, por lo cual pidió a la SEMARNAT que encabece el diseño y ejecución de un convenio marco para la coordinación interinstitucional que asegure la protección ambiental, la restauración y la reparación integral de los daños ocasionados por la contaminación del río.
Además solicitó los titulares de CONAGUA, PROFEPA, Secretaría de Salud, COFEPRIS, al gobierno del estado de Jalisco, y de autoridades municipales de El Salto, Juanacatlán y Poncitlán, que participen en el diseño, la ratificación e implementación del convenio y de los planes y programas que de este deriven.